申请人可以以英语、法语和德语这3种官方语言之一向欧洲专利局提出申请。一般我国多以英文提出申请。

申请文件所包括的内容应与中国专利申请文件一致，一盘为：说明书、权利要求书、摘要和摘要附图（如需要）。如果通过巴黎公约的途径，在中国在先申请的申请日起12个月内向欧洲申请并要求中国的优先权，需要提交优先权证明文件。此后，欧专局会发出通知，自该通知发出之日起一个月内，无论申请人是否进行过修改，都可以递交权利要求的修改，但此期限不可延期。

欧专局通常对与申请的专利性有关的现有技术文件进行检索，并把检索结果通知欧洲专利代理人或专利律师。当申请人接到此检索报告时，通常需要根据检索结果来评估其发明的专利性和获得授权的可能。

欧洲专利将于自优先权日起18个月公布专利申请。欧洲专利局希望检索报告能在公布之前做出，以便申请人能作出是否继续申请程序的选择。但由于欧洲专利申请的数量太大，公布后才发出检索报告的情况越来越多。

申请人应在申请同时或在欧专局的检索报告公布日起6个月内提出实质审查请求。

在提出实质审请求的同时，需从欧洲成员国中指定具体成员国，并交纳审查费和指定费。如果交纳7份指定费，欧洲专利条约的全部缔约国都可以被指定但延伸国的指定费需要单独交纳。在提出实质审查后，该欧洲专利申请进入实审程序，并通常在提出实审后1-3年内收到欧专局的审查意见。在答复审查意见时通常是根据审查员的意见进行辩驳或修改申请文件，但当答复无法驳回反对意见时，申请人有机会参加在欧专局举行的“口审程序”，申请人可以亲自向欧专局处理本案的3名成员陈述意见。当申请在口审阶段被驳回，申请人还有权利向欧专局的上诉委员会进行上诉。

当审查被通过后，欧专局将发出授权通知复印件。申请人选择同意授权文本并允许本申请进入授权程序，或按自己的意志对文本或权利要求进行修改。同时（2002年7月1日后开始施行）付授权费并递 交权利要求的其他两个语种的翻译译文。另外，需查询是否已经提交优先权证明文件的译文。上述工作完成后，欧洲专利被正式授权并发出授权证书。

一般在收到授权通知后，申请人就必须决定在指定国名单中选择生效国，通知欧洲专利局该专利在哪些国家生效。在确定生效国后，根据各生效国的规定，一般都需要将此项欧洲专利的全部内容翻译成该国的语言，并提交给该生效国，以便此项欧洲专利在该国生效。一般欧洲成员国要求在授权公告起3个月内完成翻译工作并在各国生效。因此，如果申请人需要在许多国家生效，则需要准备较多的费用。完成在不同国家生效的工作后，申请人则拥有不同国家的专利，他们相互独立，每一项都需要每年缴纳年费。